Jeśli się nic nie zmieniło, to w Krakowie i aglomeracji krakowskiej nie ma linii S1 (ani S2). Nie figuruje to w żadnym oficjalnym rozkładzie jazdy.

Wielokrotnie się spotkałem z takim określeniem, więc skąd to się wzięło w ogóle?
Cytując Wikipedię

Pewnie z dawniejszych opracowań oficjalnych i marzeń o prawdziwej, zinstytucjonalizowanej aglo.

BTW, załóżmy taką sytuację. Zamierzam odbyć podróż Kraków Płaszów - Kraków Olszanica - Kraków Płaszów. Zmieszczę się obrębie 2 godzin. Skąd mam wiedzieć, czy mam kupić bilet czasowy za 3 zł (do 14 km) czy za 4 zł (15 i więcej km)?

Złotówka różnicy - nie róbmy problemu z tego co problemem nie jest 😛

3 zł.

Linia S1 Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej widnieje choćby na mapach komunikacyjnych MPK 😉

Nie "choćby tam", tylko właściwie tylko tam, jeśli chodzi o jakiekolwiek oficjalne strony. Przy czym to jest - podejrzewam - inicjatywa administrującego mapą.

Jeśli tego nie ma na przystankach i w rozkładach jazdy to jednak nie istnieje.

Czyli jedynym miejscem, gdzie to oznaczenie się pojawia, jest mapa obrazująca system komunikacyjny, którego ta "linia" nie jest częścią. Opracowana i udostępniona przez podmiot, który z tą "linią" nie ma nic wspólnego. Faktycznie, oficjalne oznaczenie jak cholera 😈

Już pomijając, że może wprowadzać w błąd, bo ktoś zacznie szukać rozkładów albo się zdezorientuje na przystanku, niczego takiego nie zastając.